洞庭湖区农村生态系统健康湖南省重点实验室，于2014年以湖南农业大学生态学科为主体、集成学校环境学科和园林规划学科的相关技术力量组建，并经湖南省科技厅批准授权成立，其宗旨是通过相关学科协同攻关，为洞庭湖区域生态系统健康，尤其是农村和农业生态经济可持续发展提供决策咨询、规划设计和技术支撑。实验室下设农田生态系统结构与功能调控、湖泊生态安全评估与水环境修复、农村农业生态规划与管理3个稳定的研究方向，整体工作成效中，稻田生态高效复合种养，土壤重金属污染植物修复，乡村生态规划，农业产业园区规划设计，以及现代农场主和新型职业农民培训，处于全省领先和全国先进行列。