本工程中心于2014年11月获湖南省环境保护厅批准建设，以湖南农业大学资源环境学院为主要依托单位组建。实行中心主任负责制，现任工程技术中心主任为吴根义教授。中心现有固定研究人员32人，其中教授13人，具有博士学位26人，形成了年轻化、创新性强的科研队伍。

针对湖南农业生产、南方丘陵区域环境特点和存在的突出问题，工程中心研究人员近年来重点在以生猪养殖污染防治、水稻种植污染控制为核心的农业面源污染防控体系研究；农业环境中痕量有机污染物迁移转化及累积规律研究；农田重金属污染治理与安全利用等方面开展了大量研究与示范工作。积极探索适于湖南的农业污染防治技术，为湖南省农业污染减排与防治提供技术支撑。

研发出的畜禽养殖污染控制制度和养殖污染负荷估算技术等研究成果被环保部纳入《“十二五”主要污染物总量控制规划编制指南》和《主要污染物总量减排核算细则》。畜禽养殖固体废弃物肥料化利用技术被应用生产有机肥4.5万吨，新增产值3398万元。2015年以来主持或承担各类科研课题60余项，研究经费总额达2500余万。其中主持国家级项目13项，省部级项目28项。发表学术论文80余篇，其中在SCI、EI等源刊收录论文30余篇，申请专利10余项。研究成果获省部级科技进步奖二等奖2项，中华农业科技奖三等奖1项。